Die von der Generaldirektion der staatlichen Archive 1970 genehmigte Wappenbeschreibung lautet: ´über von Blau und Silber gespaltenem Dreiberg, vorne übereinander zwei rote Rosen, hinten ein goldener Birkenzweig mit zwei Blättern.' Der Dreiberg symbolisiert die hügelige Lage der Gemeinde in der nacheiszeitlichen Moränenlandschaft; die heraldischen Rosen stammen aus dem Wappen des Klosters Weihenstephan, das bis zur Säkularisation größter Grundbesitzer in der Gemeinde war; der Birkenzweig verweist auf Berganger, den ältesten Ort der Gemeinde, der ursprünglich Birkenanger hieß.

Der Gemeindename Baiern ist vom häufig gebrauchten althochdeutschen Wort bur in der Bedeutung Haus abgeleitet. Die Häufung des Ortsnamens Beuern, Beuren oder Baiern veranlasste im Mittelalter vornehmlich kirchliche Stellen zwecks besserer Unterscheidung, den Kirchenpatron voran zu stellen. Der Weiler Jakobsbaiern war somit Namensgeber für die gesamte Gemeinde.

Von den ersten Menschen zeugen Werkzeugfunde im Moorgebiet des Glonntals. Ein Steinbeil ist der Jungsteinzeit zuzuordnen, ein Randleistenbeil der Bronzezeit. Die kriegerischen Kelten hinterließen nur den Namen für das Flüßchen Glonn, das einige mit 'die Klare', Keltenforscher aber mit 'Tal' übersetzten. Bereits 776/778 wird eine neuerbaute Kirche in ´Perhhangaú (Berganger, ursprünglich Birkenanger) dem Bischof Aribo von Freising geschenkt. Wohl weil das Kirchlein zu klein wurde, errichteten die Bergangerer 1489 einen gotischen Tuffquaderbau mit Netzgewölbe. 1895 hielt die Neugotik Einzug und veränderte auch die Turmspitze. 846 erscheint in den Freisinger Traditionen erstmals der Ort ´Puurronú. Und weil es so viele gleichnamige Orte gab, wurde 926/37 daraus zwecks genauerer Lagebestimmung ´Hangentinpurunú (Baiern am Hang). 1294 wird erstmals von einer Kirche berichtet, die zu Beginn des 20. Jahrhunderts baufällig und 1908 abgebrochen wurde. Nur der erst 1878 neu erbaute Turm blieb stehen und dürfte damit eine bayerische Rarität sein.

Platz für eine größere Kirche bot das nahe gelegene Antholing. Was die 500-Seelen Pfarrgemeinde ab 1908 dort schuf ist besonders hervorzuheben: Ein weithin sichtbares Gotteshaus, das Kenner sowohl von der Architektur wie auch von der Innenausstattung als gelungenste Neubarockkirche des Erzbistums loben.

Versteckt in den Wäldern künden eigenartige Wälle von unsicheren Zeiten. Drei Fliehburgen auf Bergspornen mit Halsgräben und palisadengekrönten Wällen schützten im Mittelalter (hoffentlich) Menschen, Vieh und Getreide vor den beutegierigen Reiterhorden aus dem Osten. Nach der Säkularisation konnten viele Bauern ihre Höfe aus ehemaligem kirchlichen Besitz erwerben. Vier Bauern kauften dazu noch ihre Kirche. So blieb ein barockes Kleinod in Weiterskirchen der Nachwelt erhalten. In Berganger ziert eine außergewöhnliche Uhr mit Schlagwerk die Fassade des Mittermaierhofes. Sie wurde 1591 von den auf einer Wallfahrt befindlichen Herzögen Wilhelm V. und Maximilian I. zum Dank für die Gastfreundschaft gestiftet.

Die Schwedenkapelle und das Marienheiligtum Frauenbründl sind Relikte des Dreißigjährigen Krieges und wurden von den Bergangerern zum Dank errichtet, weil sie vom Krieg und vor der Pest verschont blieben.

In einer Urkunde das Jahres 1810 werden die 33 Einöden, Weiler und Dörfer erstmals zum Steuerdistrikt 'Bayern in Altbaiern' (Schreibweise heute genau umgekehrt) zusammen gefasst. Die Gebietsreform bescherte der Gemeinde Baiern einen Platz in der Verwaltungsgemeinschaft Glonn. Die Bairer konnten damit zum größten Teil ihre Selbstständigkeit bewahren.

Etliche Bauernhöfe der Gemeinde werden bereits im herzoglichen Steuerbuch von 1417 erwähnt. 600 Jahre hatte sich die Gemeinde kaum verändert. Die Nachkriegszeit brachte einen Wandel in der Landwirtschaft und damit eine Veränderung der harmonisch strukturierten Voralpenlandschaft. Wesentlichere Auswirkungen - auch auf das soziale Gefüge der Gemeinde Baiern - hatte jedoch die Ausweisung von Baugebieten in Antholing und Berganger. Hier entstanden nach dem Einheimischenmodell knapp 100 vom alpenländischen Stil geprägte Einfamilienhäuser.